来るべき謎の生物・使者との戦いに備えて、人類は決戦兵器・エウゼビオンの建造を急いだ。そして、その兵器に登場するのは一人の少女・朝霧ケイ。感情を表に出さない彼女は、黙々とエウゼビオンのパイロットテストを繰り返すが、神経同期が未発達なため、何度も暴走し、自らの体を傷つけてしまう。しかし、そんな中でエウゼビオンの指揮をするキサキ司令の暖かさに触れ、彼女は傷ついた体を引きずってもエウゼビオンに乗り続けるのであった。しかし、キサキ司令がケイを大事に扱う理由は、彼の背後に鎮座する秘密結社による計画のためであった。エウゼビオンと使者がひとつになることによって地球規模の精神同期が発生し、全ての生き物はひとつの霊体となって存在すること。それこそが人類の向かうべき方向だと信じるキサキ。ケイはそんな計画を知らずに使者と戦い、全身を触手で絡め取られ、そして犯されていく。そして、精神の奥深くで目覚めたケイは・・・。