鹿島智子は銀河文科省のスペシャルエージェント。銀河を不良で支配しようと画策するバンチョー惑星の魔の手から地球を守るために月下学園で潜入捜査を開始していた。そんなある日、科学部部長の岩志村ノボルが風紀委員に連行される事件が起きる。智子はセーラーユニットを起動しセーラーストライカーに変身し風紀委員を制圧するが、岩志村を人質に取られ降伏する事に。そして、バンチョー惑星の支配者ダースバンチョーは見せしめとして巨大番長との対決を迫る事に・・・。果たしてセーラーストライカーは学園に自由を取り戻す事が出来るのか。
