かつて魔物軍団と戦い、地球を守る代わりにその命を散らしたジャンヌ３。彼女たちを率いていた岩井博士は、新たな驚異アンデッターと戦うために新たなジャンヌ３を揃えようとしていた。すでに最初の適応者としてジャンヌブルーとなり戦っていた青加泉は、ジャンヌイエローの適応者とわかった黄河光とジャンヌピンクの適応者とわかった桃堂桜がまだ高校一年生であると知り、共に戦うことを拒否する。その光と桜も、怖さからジャンヌピンクになることを桜が嫌がったため友情にヒビが入ってしまう。そして光は泉を見返すために、アンデッターの女幹部ジュノの親衛隊である四天王に単身戦いをいどみ、彼らの猛攻撃を受けて傷つき敗れ囚われの身となり、壮絶な拷問にかけられる。それを知った泉が救出に向かうが、光を人質にとられ、ジュノにいたぶられて絶体絶命の危機に。だが勇気を振り絞った桜の活躍で二人は救出され、ジュノと四天王に満身創痍の体で戦いを挑むのだった。
